Saskaņā ar Eiropas Savienības fondu 2021.—2027. gada plānošanas perioda vadības likumu sadarbības iestādei – CFLA ir šādi pienākumi:
1) atbilstoši kompetencei sniegt Eiropas Savienības fondu vadībā iesaistītajām institūcijām informāciju, kas ir būtiska šo institūciju pienākumu izpildē;
2) veikt regulas Nr. 2021/1060 46. pantā minēto funkciju, tostarp sniegt konsultācijas projektu iesniedzējiem par projektu iesniegumu iesniegšanu un precizēšanu atbilstoši lēmumā par projekta iesnieguma apstiprināšanu ar nosacījumu ietvertajiem nosacījumiem;
3) atbilstoši regulas Nr. 2021/1060 72. panta 1. punkta "a" apakšpunktā noteiktajam veikt projektu iesniegumu atlases funkcijas, izņemot šā likuma 10. panta otrās daļas 8. un 9. punktā un 11. panta trešās daļas 4. punktā noteikto;
4) slēgt līgumu par finanšu instrumentu īstenošanu;
5) konsultēt finansējuma saņēmējus par projektu īstenošanu;
6) veikt regulas Nr. 2021/1060 72. panta 1. punkta "e" apakšpunktā minētās funkcijas, izņemot šā likuma 11. panta trešās daļas 8. punktā noteikto;
7) nodrošināt projektu īstenošanas uzraudzību un kontroli, projektu mērķu un iznākuma rādītāju sasniegšanas uzraudzību, analizēt problēmas projektu īstenošanā un iesniegt atbildīgajai iestādei, vadošajai iestādei un uzraudzības komitejai priekšlikumus par projektu īstenošanas uzlabošanu;
8) izlases veidā veikt projektu iepirkuma pirmspārbaudes;
9) atbilstoši kompetencei izstrādāt regulas Nr. 2021/1060 69. panta 6. punktā minētās procedūras;
10) pārbaudīt un apstiprināt finansējuma saņēmēja maksājuma pieprasījumā iekļautos izdevumus, kas ir attiecināmi;
11) sniegt grāmatvedības iestādei sadarbības iestādes rīcībā esošo informāciju maksājuma pieteikuma un kontu slēguma sagatavošanai;
12) sniegt sabiedrībai informāciju, nodrošināt publicitāti un komunikāciju jautājumos, kas saistīti ar projektu īstenošanu;
13) ņemot vērā projekta iesniedzēja juridisko formu un tiesisko statusu, slēgt ar finansējuma saņēmēju līgumu vai vienošanos par projekta īstenošanu atbilstoši regulas Nr. 2021/1060 72. panta 1. punkta "a" apakšpunktā noteiktajam;
14) atbilstoši regulas Nr. 2021/1060 72. panta 1. punkta "b" apakšpunktā noteiktajam veikt programmas pārvaldības uzdevumus, izņemot šā likuma 10. panta otrās daļas 11., 13. un 14. punktā noteikto;
15) veikt citus šajā likumā noteiktos pienākumus.